1. 限于低濕狀態下生長的微生物，故可能的流程及產物較受限，一般較適合于真菌。
2. 在較致密的環境下發酵，其代謝熱的移除常造成問題，尤其是大量生產時，常限制其大規模的產能。
3. 固態下各項參數不易偵測，尤其是液體發酵的各種探針不適用于固體發酵，pH值、濕度、基質濃度不易調控，Biomass不易量測，每批次發酵條件不易一致，再現性差。
4. 不易以攪拌方式進行質量傳遞(masss transfer)，因此發酵期間，物質的添加無法達到均勻。
5. 由于不易偵測，從發酵工程的觀點來看，許多工作都只是在定性或觀察性質，故不易設計反應器，難以量化生產或設計合理化的發酵流程。
6. 固體發酵的培養時間較長，其產量及產能常低于液體發酵。
7. 萃取的產物常因黏度高不易大量濃縮。