反流性腎病的病因是膀胱輸尿管反流。膀胱輸尿管反流是尿液通過不健全的膀胱輸尿管連接處的反流。生理情況下，輸尿管最后一段的活瓣機制的解剖功能完整性能防止這種反流。這一活瓣機制包括：輸尿管斜行穿過膀胱壁；輸尿管壁特殊的肌組織；輸尿管口黏膜瓣。前述活瓣機制解剖功能完整性的改變，將導致原發或繼發性膀胱輸尿管反流。
1.原發性膀胱輸尿管反流
原發性膀胱輸尿管反流臨床最常見。多見于小兒。為膀胱黏膜下輸尿管段的先天性異常，如先天性膀胱黏膜下輸尿管過短，膀胱三角肌組織發育不良等。隨著小兒成長，膀胱基部發育完善，反流多數會消失。
2.繼發性膀胱輸尿管反流
繼發性膀胱輸尿管反流可繼發于多種原因所致的膀胱頸或尿道梗阻（膀胱高壓），神經性膀胱（膀胱肌無力）、膀胱結核及膀胱手術后（引起輸尿管的損傷）等。
3.膀胱輸尿管反流的分級
目前被廣泛接受的仍是國際兒童膀胱輸尿管反流研究組提出的反流程度分級標準：
（1）Ⅰ級 僅累及輸尿管。
（2）Ⅱ級 累及輸尿管和腎盂，腎盞無擴張，腎盞穹隆正常。
（3）Ⅲ級 輸尿管輕中度擴張和（或）彎曲，腎盂輕中度擴張，穹隆無或僅輕微變鈍。
（4）Ⅳ級 輸尿管中度擴張和（或）彎曲，腎盂腎盞中度擴張，穹隆銳角消失但大多數腎盞乳頭外形存在。
（5）Ⅴ級 輸尿管、腎盂腎盞嚴重擴張和彎曲，大多數腎盞乳頭外形消失。