氫化植物油
氫化植物油是反式脂肪酸最主要的食物來源。以不飽和脂肪酸為主的植物油在加壓和鎳等催化劑的作用下加氫硬化，從液態不飽和脂肪酸變成固態或半固態的飽和脂肪酸。但在處理過程中，植物油中一部分不飽和脂肪酸從天然構架順式不飽和脂肪酸轉變成了反式不飽和脂肪酸。不飽和脂肪酸氫化時產生的反式脂肪酸因加工工藝不同有很大波動，一般占油脂含量的8%~70%，其中以反式C18:1脂肪酸（反油酸）為主。氫化植物油比普通植物油熔點和煙點高，室溫下能保持固態形狀，可以保持食物外形美觀，在油炸食品時油煙也少;由于氧化穩定性好，可以防止變質，因此使得運輸和儲存更加便利。此外，它還能夠增加食品的口感和美味，成本更加低廉。所有含有“氫化油”或者使用“氫化油”油炸過的食品都含有反式脂肪酸，如人造黃油，人造奶油、咖啡伴侶、西式糕點、薯片、炸薯條、珍珠奶茶等。我國于20世紀80年代初引進氫化植物油技術，并開始應用于食品工業。
精煉植物油
天然植物油在進行精煉脫臭處理時，多不飽和脂肪酸中的二烯酸酯和三烯酸酯會發生熱聚合反應，發生反式異構化，產生反式脂肪酸。氫化油和精煉植物油中產生的反式脂肪酸被統稱為IP-反式脂肪酸（industriallyproducedTFA）。
反芻動物的脂肪組織及乳汁
在反芻動物瘤胃內，飼料中的多聚不飽和脂肪酸（PUFA）在瘤胃微生物丁酸弧菌群的酶促生物氫化作用下會產生大量反式脂肪酸異構體，主要以t11-C18:1（vaccenicacid）為主，同時還大量含有共軛亞油酸，比如c9，t11-CLA18:2。國外研究表明，乳制品和反芻動物肉制品中R-反式脂肪酸（ruminantTFA）的含量一般都比較低，牛奶、乳制品、牛羊肉的脂肪中可發現1%~8%的反式脂肪酸。
其他來源
日常生活的烹調過程中，尤其是油炸、煎烤時，植物油中的順式脂肪酸高溫受熱后也可以部分轉變為反式脂肪酸，但量很少。