核生物（prokaryote）是以原核細胞構成的，均為單細胞生物，通常稱為細菌（bacterium）。
根據外表特征，可把原核生物粗分為“三菌三體”6種類型，即細菌（狹義的）、放線菌、藍細菌、支原體、立克次氏體和衣原體。
細菌
是在自然界分布最廣、個體數量最多的有機體，是大自然物質循環的主要參與者。細菌主要由細胞壁、細胞膜、細胞質、核質體等部分組成，有的細菌還有莢膜、鞭毛、菌毛等特殊結構。絕大多數細菌的直徑大小在0.5-5微米之間。可根據形狀分成三類：球菌、桿菌和螺旋菌。
放線菌微米
放線菌是具有菌絲、以孢子進行繁殖、革蘭氏染色陽性的一類原核微生物。因其具有分枝狀菌絲、菌落形態與霉菌相似，過去曾認為放線菌是"介于細菌與真菌之間的微生物"。然而，用近代生物學技術所進行的研究結果表明，放線菌實際上是屬于細菌范疇內的原核微生物，只不過其細胞形態為分枝狀菌絲。從系統發育上看，放線菌（除高溫放線菌外）與全部G+細菌一起同屬于這一大分支中的高G+C/mol%群。
藍藻
藍藻又稱藍細菌（cyanobacterium），能進行與高等植物類似的光合作用（以水為電子供體，放出氧氣），與光合細菌的光合作用的機制不一樣，因此被認為是最簡單的植物。藍藻沒有葉綠體，但含有藻藍素（呈藍色，但含量少）和葉綠素（呈綠色并且含量多），是能夠進行光合作用的自養生物。細菌中絕大多數種類是營腐生或者寄生生活的一種生物。藍藻和細菌中，都沒有成型的細胞核。藍藻細胞遺傳信息載體與其它原核細胞一樣，是一個環狀DNA分子，但遺傳信息量很大，可與高等植物相比。因為藍藻細胞的體積比其它原核細胞大得多，直徑一般在10微米，甚至可達70微米（顫藻），所以肉眼不能看清藍藻細胞。藍藻屬單細胞生物，有些藍藻經常以絲狀的細胞群體存在，如：屬藍藻門念珠藻類的發菜（nostoc commune var.flagtlliforme）就是藍藻的絲狀體；發菜生長在西北草地和荒漠，因為和“發財”諧音，所以被人爭相食用，現已被中國列為保護生物；做綠肥的紅萍實際上是一種固氮藍藻與水生蕨類滿江紅的共生體。藍球藻，念珠藻，顫藻，發菜（細胞群體呈黑藍色）均屬于藍藻，所以藍藻并不都是呈現綠色的。
支原體
支原體（mycoplasma）的大小通常為0.2-0.3微米，是現認為最小的細胞，可通過濾菌器。無細胞壁，不能維持固定的形態而呈現多形性。細胞膜中膽固醇含量較多，約占36%，這對保持細胞膜的完整性是必需的，凡能作用于膽固醇的物質（如二性霉素B、皂素等）均可引起支原體膜的破壞而使支原體死亡。
支原體基因組為一環狀雙鏈DNA，分子量小（僅有大腸桿菌的五分之一），合成與代謝很有限。肺炎支原體的一端有一種特殊的末端結構（terminal structure），能使支原體粘附于呼吸道粘膜上皮細胞表面，與致病性有關。
衣原體和立克次氏體
衣原體（Chlamydia）很小，直徑200-500納米，能通過細菌濾膜。立克次氏體（Rickettsia）略大，大多不能通過濾菌膜。它們都有DNA和RNA，有革蘭氏陰性細菌特征的含肽聚糖的細胞壁，但酶系統不完全，必須在寄主細胞內生活，有攝能寄生物（energe parasite）之稱。
砂眼是衣原體引起的，由于能形成包含體，起初被認為是大型病毒，1956年，中國著名微生物學家湯飛凡及其助手張曉樓等人首次分離到沙眼的病原體。
衣原體生活史特殊，具有感染力的個體稱為原體（elementory body），體積小，有堅韌的細胞壁。在宿主細胞內，原體逐漸伸長，形成無感染力的個體，稱作始體（initial body），是一種薄壁的球狀細胞，體積較大，通過二等分裂的方式在宿主細胞內形成一個微菌落，隨后大量的子細胞有分化為具有感染能力的原體。立克次氏體也是專性細胞內寄生的，主要寄生于節肢動物，有的會通過蚤、虱、蜱、螨傳入人體、如斑疹傷寒、戰壕熱。
美國醫生H.T.Richetts 1909年首次發現它是落基山斑疹傷寒的病原體，并于1910年犧牲于此病，故后人稱這類病原體為立克次氏體。與衣原體的不同處在于其細胞較大，無濾過性，合成能力較強，且不形成包涵體。