發射光譜需要對原子進行激發，然后觀測原子的熒光或磷光光譜（即各種激發光的光譜）
吸收光譜不對原子進行預先的激發，將光源的光透過原子，對透過光進行觀測量譜
那么顯而易見
優點：
吸收光譜不需要對原子進行預先的激發。1.發射光譜大量原子在高能級態上，不穩定。2.發射光譜要考察原子較高頻率的光譜的話，激發光的頻率要更高或者至少與高頻譜線持平。3.發射光譜激發用的光源經過原子散射很容易進入光譜儀，這是一個很強的雜散光，影響光譜觀測。用吸收光譜可以有效避免這些情況。
另外發射光譜，為了讓原子的輻射強度能夠達到儀器能探測的水平，需要很強的激發光才行，一般用高壓汞燈或者X射線激發的話，本身這些光源就非常的耗能且危險，需要好的實驗技巧
缺點：
1.吸收光譜是對透射光進行探測，因此需要所考查的原子是氣體或者透明的液體與晶體，對樣品的制備有較高的要求，對容器的性質也有很高的要求
2.吸收光譜需要一個寬譜的光源，汞燈，激光等常用的線譜光源難以滿足要求，假若不需要紫外或者紅外的話，光源比較好找，白熾燈就好，一旦需要紫外或者紅外，那么很難有好的廣譜光源能夠滿足實驗光源需求
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