① 固定組織或細胞：將組織細胞固定于預先用四氟乙烯包被的玻片上，并用多聚甲醛處理，再滅活除去細胞內源性過氧化物酶。
②蛋白酶K消化處理：用60ug/ml的蛋白酶K將固定好的組織細胞片55℃消化處理2h后，96℃2min以滅活蛋白酶K。
③PCR擴增：在組織細胞片上，加PCR反應液，覆蓋并加液體石蠟后，直接放在擴增儀的金屬板上，進行PCR循環擴增.有的基因擴增儀帶有專門用于原位PCR的裝置。
④雜交：PCR擴增結束后，用標記的寡核苷酸探針進行原位雜交。
⑤顯微鏡觀察結果。
待檢石蠟切片上的非特異性結合位點經過充分封閉，內源性DNA和RNA經核酶充分消化后，通過生物素化單抗與親和素系統的橋聯，將生物素化的DNA報告分子固定在石蠟切片上，進行原位PCR擴增，擴增產物經原位核酸雜交，以雜交信號指示待測抗原是否存在。