一、檢查
1、病毒學檢測
此種檢查方法是診斷本病的金標準。
值得注意的是，由于在在腦炎發病時，多數患者體表并不出現皰疹病損，腦脊液中亦往往難以檢出病毒。所臨床推行腦活檢的難度較大。雖然電鏡下可在腦活檢組織標本查見神經細胞核內包涵體及病毒顆粒；還可應用免疫組織化學技術檢測出病毒抗原。
2、PCR技術
應用PCR技術對腦脊液標本進行HSV DNA的檢測，有助于早期診斷，但應注意其特異性問題。
3、腦脊液檢查
1、由于腦組織病變的出血壞死性質，部分病例腦脊液含有較多的紅細胞，可達(50～500)×106/L甚至更多；
2、蛋白質輕至中度增高，糖含量正常或偏低；
3、腦脊液檢查壓力升高、外觀清亮、白細胞數中度增高，多在0.4×109/L以下，以淋巴細胞為主，但早期也可多為中性粒細胞。
四、免疫學檢查
可見血清中和抗體或補體結合抗體滴度逐漸增加到4倍以上；腦脊液的單純皰疹病毒抗體滴度>1∶80，早晚期雙份標本抗體滴度增加4倍以上。
五、腦電圖檢查
腦電圖異常，兩側可不對稱，以一側大腦半球明顯；CT及MRI顯示顳葉、額葉出血性壞死灶，或呈腦組織彌漫性病變。
二、鑒別
1、急性播散性腦脊髓炎
此病已日益受到重視，見于急性發疹性病毒傳染病(如麻疹、風疹、天花、水痘等)的病程中；也可見于其他急性病毒感染(如傳染性單核細胞增多癥、流感等)的恢復期，稱為病毒感染后腦炎；尚有發生于百日咳、狂犬病等疫苗接種后2～3周內者，而被稱為疫苗接種后腦炎。病理特點為播散性分布的腦和脊髓的脫髓鞘性變，及分布于小靜脈周圍的炎癥細胞浸潤。臨床表現隨病變部位和嚴重程度而異，可有高熱、頭痛、嘔吐、抽搐、精神錯亂、昏迷、腦膜刺激征及局灶性損害體征等；腦脊液檢測蛋白及細胞數量增多。注意查明患者神經癥狀發生的時間，常有提示臨床診斷的意義。
2、感染中毒性腦病
常在急性細菌感染的早期或極期，多見于敗血癥、肺炎、細菌性痢疾、傷寒、白喉、百日咳等。罹患者以2～10歲兒童為主，系因機體對感染毒素產生過敏反應，導致腦充血水腫所致；臨床表現為高熱、頭痛、嘔吐、譫妄、驚厥、昏迷、腦膜刺激征等；腦脊液壓力增高，蛋白質可輕度增高，細胞一般不增多，糖和氯化物正常。原發疾病好轉后，腦癥狀則隨之逐步消失，一般無后遺癥。
1、其他病毒性腦炎
如皰疹病毒、蟲媒病毒和腸道病毒等引起的腦炎，可通過血清及腦脊液檢查出相應病毒的特異抗體有助于鑒別。乙型腦炎病情重，進展快，常以突發高熱而起病，且患者未接種乙腦疫苗，均可幫助診斷。
4.化膿性腦膜腦炎
化膿性腦膜腦炎以伴有嚴重的全身感染中毒癥狀為特點，外周血白細胞明顯增高，腦脊液呈化膿性改變，細菌涂片或培養陽性。