制備薄層色譜使用薄層色譜板進行制備分離，從混合物中提取所需要的單體。與常用的柱色譜相比，具有簡單、快速與節省溶劑與人力的優點，是實驗室比較常用的制備方法之一，比較常用的是制備薄層板色譜、制備離心薄層色譜、制備干柱薄層色譜三個類別。
1、 制備薄層板色譜
制備板：一般使用200X200mm的薄層色譜板，吸附劑厚度最好為0.5~1mm，一般不超過2m，平均1mm厚需要的硅膠量為 15~20g。為了得到低成本、鋪層均勻的高質量制備薄層板，建議使用上海科哲公司的TD-II型全自動制備薄層鋪板機。
點樣：制備薄層分離的樣品量大，一般采用條帶點樣、不使用圓點點樣；一般1mm厚的硅膠最大約100
mg，樣品濃度不宜太稀，應在2~10%為宜。為了得到均勻而規則的點樣結果，建議使用上海科哲公司的SP-3型電動薄層條帶點樣器。同時展開劑的用量比較大，點樣位置要比較高
展開：薄層色譜層析缸要充分飽和，如制備板數量較多，請選用上海科哲公司的制備薄層板架；
顯色：一般使用紫外燈或碘蒸汽等非破壞方式顯色，或在板邊緣進行化學試劑顯色；
回收：將檢測到的樣品連同硅膠一齊刮下，防入砂芯漏斗，使用適當溶劑將組分洗脫，將洗脫溶劑蒸干即可。一般希望洗脫溶劑沸點較低，不與組分發生反應。
制備薄層板色譜優點是使用最為方便、便宜、節省人力，缺點是分離時間較長。
2、 制備離心薄層色譜
與普通制備板有三個不同點：
首先：色譜板是圓的，是徑向色譜，分離能力優于方板；
其次：洗脫液的流動不靠毛細現象，靠離心力，減少了分離時間與脫尾，分離效能很高；
最后：洗脫液是連續流動的，可以非常容易的形成梯度，并且不需要刮下吸附層，這樣可以使色譜板可以反復使用；
所以，制備離心薄層色譜的分離效能與分離速度要遠高于制備薄層板色譜，建議采用上海公司科哲公司的KH-CTLC型制備離心薄層色譜儀。
3、制備干柱薄層色譜
可以看作棒狀的薄層色譜，優點是簡單易行，快速經濟、制備量大。缺點是必須使用可透紫外的管材，而且在收集樣品時要割斷管材，使費用略高。上海科哲公司提供專用的薄層色譜柱。本方法與真空系統聯用，構成減壓真空色譜，性能會得到進一步提升。
這三種不同的方法在不同場合都擁有自己的優勢，總的來講，制備薄層板色譜適用于制備量較小、分離程度較好的場合；制備離心薄層色譜適用于制備量中等，分離程度較差的場合；制備干柱薄層色譜用于大量樣品制備的場合。三種設備如果互相聯用，分離效率會進一步提高。這三種設備也可與柱色譜聯用