* 透析(dialysis)利用透析袋把大分子蛋白質與小分子化合物分開的方法。
* 超濾法，應用正壓或離心力使蛋白質溶液透過有一定截留分子量的超濾膜，達到濃縮蛋白質溶液的目的。
*丙酮、乙醇等有機溶劑沉淀法，可破壞蛋白質的水化層，在0～4℃低溫下，使蛋白質沉淀。環境溫度高等不良因素影響下，有機溶劑可促使蛋白質變性。
*鹽析(salt precipitation)是將硫酸銨、硫酸鈉或氯化鈉等加入蛋白質溶液，使蛋白質表面電荷被中和以及水化膜被破壞，導致蛋白質沉淀。
*免疫沉淀法：利用特異抗體識別相應的抗原蛋白，并形成抗原抗體復合物的性質，可從蛋白質混合溶液中分離獲得抗原蛋白。
* 電泳法：蛋白質在高于或低于其pI的溶液中為帶電的顆粒，在電場中能向正極或負極移動。這種通過蛋白質在電場中泳動而達到分離各種蛋白質的技術, 稱為電泳(elctrophoresis) 。幾種重要的蛋白質電泳：