1．蛋白C缺乏癥— 遺傳性：遺傳性日漸多見。發生率約為人群的1/1.6萬，在血栓栓塞癥中占2%~5%，年齡較輕的患者中，有較高的發病率（10%~15%）。雜合子型十分常見，人群發病率為0.1%~0.3%。該病為常染色體顯性或不完全顯性遺傳。存在高度遺傳的異質性。其病變為蛋白C基因發生突變（包括啟動密碼突變、剪拼位點突變、移碼缺失、移碼前移缺失、移碼插入、移碼前移插入、無義突變、錯義突變、隱伏突變等）。蛋白C缺陷只是5~10倍地增高血栓形成的危險性，而導致血栓形成可能存在另外因素，包括其他基因缺陷。
2．蛋白C缺乏癥— 獲得性：常見于急、慢性肝病。肝臟為合成蛋白C的所在。肝臟合成能力的降低與疾病嚴重程度相一致。其他彌散性血管內凝血。惡性腫瘤、急性白血病、新生兒及哺乳期嬰兒，蛋白C的活性常降低。用雙香豆素類藥物治療可以引起維生素K依賴因子-Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、X及蛋白C的減少。由于蛋白C半衰期短，僅6h，比其他凝血因子先降低，因此治療后可促發高凝狀況，引起皮膚血管內血栓及壞死。對用雙香豆素類藥物進行抗凝和預防血栓時，尤其在肥胖和吸煙等危險因素，必須警惕有此可能發生。蛋白C缺乏時，活性降低比抗原明顯。