三維結構原則
對于各種生物物種的每一個蛋白質，用每一個位點每年發生的氨基酸替換的次數為標準衡量分子進化的速率是大致恒定的，只要該分子的功能和三維結構保持不變；
分子主次原則
功能上較次要的分子或分子的區域的進化速率（按突變替換數/每位點/每年計算）要比功能重要的分子或分子的部分的進化快。
破壞力原則
對現存分子的結構或功能破壞較小的那些突變替換（即保守性替換）要比破壞力較大的突變替換的進化來得頻繁。
基因更新原則
基因復制總是在獲得一個新功能之前就已發生
