1、主要取決于凝膠的孔徑大小與被分離組分分子尺寸之間的關系，與流動相的性質沒有直接的關系。
2、樣品分子與固定相之間不存在相互作用，色譜固定相是多孔性凝膠，僅允許直徑小于孔徑的組分進入，這些孔對于溶劑分子來說是相當大的，以致溶劑分子可以自由的擴散出入。樣品中的大分子不能進入凝膠孔洞而完全被排阻，只能沿多孔凝膠粒子之間的空隙通過色譜柱，首先從柱中被流動相洗脫出來；中等大小的分子能進入凝膠中一些適當的孔洞中，但不能進入更小的微孔，在柱中受到滯留，較慢地從色譜柱洗脫出來；小分子可進入凝膠中絕大部分孔洞，在柱中受到更強的滯留，會更慢的被洗脫出；溶解樣品的溶劑分子，其分子量最小，可進入凝膠的所有孔洞，最后從柱中流出，從而實現具有不同分子大小樣品的完全分離。在分子排阻色譜法中，溶劑分子最后從柱中流出，這一點明顯不同于其他液相色譜法。
3、在SEC中，不同尺寸樣品分子的分布系數K總保持在0~1之間。K=0 說明溶質完全被排除在填料孔外，稱為全排斥，即填料的排斥極限；K=1 說明溶質可完全進入填料孔內。稱為全滲透，即填料的滲透極限。
4、對與某一大小分子其洗脫一體積等于流動相體積與該尺寸溶質可以滲透進入空洞內部的那部分體積的總和。Ve=Vo+KVp
固定相：凝膠 按機械強度分 軟質凝膠（葡聚糖凝膠、瓊脂糖凝膠、聚丙烯酰胺凝膠）；半剛性凝 膠（苯乙烯-二乙烯基苯共聚物）；剛性凝膠（高交聯度苯乙烯-二乙烯基苯共聚物、多孔球形硅膠、羥基化聚醚多孔微球）。按化學性質分 有機凝膠（均勻凝膠、半均勻凝膠、非均勻凝膠）；無機凝膠（非均勻凝膠）。
流動相
凝膠滲透色譜法：常用四氫呋喃 三氯乙烷
凝膠過濾色譜法：以水為主體，具有不同PH值得多種緩沖溶液，所有溶劑使用前均要以微孔濾膜或5號砂芯漏斗過濾。除此之外，還需根據所分離的化合物性質向流動相中加入一些添加劑以改善保留和分離效果。如當使用親水性有機凝膠作為固定相時，為消除體積排阻色譜法中不希望存在的吸附作用與基體的疏水作用，通常在流動相中加入少量的無機鹽，以維持流動相的離子強度在0.1—0.5，減少副作用。