分享一下ImmuneCellAtlas數據集的分析案例

以下是一個關于 Immune Cell Atlas 數據集的簡單分析案例示例： 

 **研究問題**：比較健康個體和自身免疫性疾病患者（如類風濕關節炎）中特定免疫細胞亞型的基因表達差異。 

 **數據獲取**：從相關數據庫下載 Immune Cell Atlas 數據集，其中包含健康對照和患者的免疫細胞單細胞測序數據。 

 **數據預處理**： 

1. 質量控制，去除低質量細胞。 

2. 數據標準化和歸一化，以消除技術偏差。 

 **細胞類型注釋**：使用已有的標記基因和算法對細胞進行類型注釋，區分出如 CD4+ T 細胞、CD8+ T 細胞、巨噬細胞等。 **分組比較**：將細胞分為健康組和疾病組。 

 **差異表達分析**： 

1.針對特定的免疫細胞亞型（例如 CD4+ T 細胞），進行兩組之間的差異表達基因分析。 

2. 篩選出顯著差異表達的基因。

**功能富集分析**：對差異表達基因進行基因本體（GO）和京都基因與基因組百科全書（KEGG）通路富集分析，以了解這些基因所涉及的生物學功能和通路。 

 **結果與討論**： 發現某些與免疫調節、炎癥反應相關的基因在患者的免疫細胞中顯著上調或下調，為理解疾病的發病機制提供新的線索。 請注意，這只是一個非常簡化的案例，實際的分析會更加復雜和深入，可能會結合更多的分析方法和技術。