樣品在電泳凝膠或者其他載體上的遷移率不一樣，以標準品或者其他的替代標準品相比較就會對未知樣品作一個定性分析。這個就是圖像分析系統定性的基礎。根據未知樣品在圖譜中的位置可以對其作定性分析，就可以確定它的成份和性質。
樣品對投射或者反射光有部分的吸收，從而照相所得到的圖像上面的樣品條帶的光密度就會有差異。光密度于樣品的濃度或者質量成線性關系。根據未知樣品的光密度，通過于已知濃度的樣品條帶的光密度指相比較就可以得到未知樣品的濃度或者質量。這就是圖像分析系統定量的基礎。采用最新技術的紫外透射光源和白光透射光源使光的分布更加均勻，最大限度的消除了光密度不均造成的對結果的影響。