1、Southern Blot
即DNA印跡，可以對bcr-abl融合基因DNA重排進行分子生物學檢測。將經限制性內切酶酶切及瓊脂糖電泳分離的DNA片段轉移到固相雜交膜上，胚系DNA會產生特征性片段，但發生過基因重排的細胞DNA因酶切位點有所改變會產生有別于胚系的DNA酶切片段。大多數bcr基因的斷裂點集中于5.8kb的主要斷裂點集簇區（M-bcr）。從白血病患者白細胞中抽提的基因組DNA，經一組限制性內切酶消化及瓊脂糖凝膠電泳分離后轉移到尼龍膜上，用取自M-bcr3’和5’端的bcr探針與之雜交。放射自顯影洗片后即可顯示所要檢測的條帶，對于CML患者，除可見到一條與胚系bcr基因組DNA相對應的條帶外，其他的條帶說明存在重排的bcr等位基因。
2、RT-PCR
采用異硫氫酸胍酚、氯仿一步法提取細胞總RNA，用RT-PCR技術擴增bcr-abl基因接合區mRNA是檢測CML敏感而特異的方法，設計兩對引物，先進行逆轉錄反應合成cDNA，再進行PCR擴增，取擴增后產物10μl，用2%的瓊脂糖凝膠進行電泳，在紫外燈下觀察結果。
3、實時定量PCR
PCR擴增時，加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針。該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收。PCR擴增過程中，Taq酶的5’～3’外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而使熒光檢測系統接受到熒光信號。每個模板的Ct值（即每個反應管內的熒光信號到達設定的閾值時所經歷的循環數）與該模板的起始拷貝數的對數存在線性關系，起始拷貝數越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線，其中縱坐標為起始拷貝數的對數，橫坐標代表Ct值，然后根據待測樣本的Ct值從標準曲線上計算出該樣本的起始拷貝數。
另外bcr/abl融合基因編碼的蛋白P210可以用Western印跡或酶聯免疫反應加以檢測。