HIV不僅使人體的免疫系統難以抵御其侵害，而且給特效治療藥物和預防用疫苗的研制帶來困難。HIV直接侵犯人體的免疫系統，破壞人體的細胞免疫和體液免疫。它主要存在于感染者和病人的體液（如血液、精液、陰道分泌物、乳汁等）及多種器官中，它可通過含HIV的體液交換或器官移植而傳播。
侵蝕細胞
現已證實HIV是嗜T4淋巴細胞和嗜神經細胞的病毒。HIV由皮膚破口或粘膜進入人體血液，主要攻擊和破壞的靶細胞T4淋巴細胞（T4淋巴細胞在細胞免疫系統中起著中心調節作用，它能促進B細胞產生抗體），便得T4細胞失去原有的正常免疫功能。當激活免疫反應的T4細胞幾乎全部被HIV消除，T4細胞抑制細胞在數量上巨增，相反病人體內T4細胞在數量上驟減，從而導致病人的免疫功能全部衰竭，為條件性感染創造了極為有利的條件。HIV對神經細胞有親合力，能侵犯神經系統，引起腦組織的破壞，或者繼發條件性感染而致各種中樞神經系統的病變。
助發癌變
HIV和其它逆轉錄病毒一樣，當逆轉錄酶使病毒的RNA作為模板合成DNA而成前病毒DNA整合到宿主細胞的DNA中時，HIV帶有的致癌基因可使細胞發生癌性轉化，特別是在細胞免疫遭到破壞，喪失免疫監視作用的情況下，細胞癌變更易發生。
奪取生命
艾滋病患者的存活時間長短與其被感染的亞型病毒種類有很大的關系。艾滋病患者的平均存活時間因被感染的亞型種類不同而有很大的差異，盡管這些研究對象被感染的病毒數量基本上是一樣的。A亞型病毒感染者的平均存活時間為8.8年，而D亞型病毒感染者的平均存活時間降至為6.9年，而D亞型和A亞型病毒的混合感染者的存活時間更短，平均只有5.8年。
艾滋病窗口期 每一個剛感染上艾滋病病毒的人，都存在一個“窗口期”過程。所謂“窗口期”，是指HIV最初進入人體到產生可檢測出病毒抗體的時間，通常為兩周到三個月，甚至可能到六個月。因此如果有了一次“危險行為”，害怕自己感染上艾滋病，立即去作了艾滋病病毒抗體檢測，結果為陰性，這時下結論說沒有感染上艾滋病還為時過早，而應該在過了“窗口期”后再作一次檢查。如果第二次檢查沒有問題，才能確定沒有感染艾滋病病毒，但還必須確定在第二次檢查前再沒有過新的“危險行為”。特別要指出的是，如果一個人的確感染了艾滋病病毒，即使在所謂的“窗口期”，此人仍可傳播艾滋病病毒。