醫院獲得性肺炎預后差，死亡率高，除早期發現和積極治療外，應積極采取預防措施，減少發病，已引起普遍重視，并有許多研究。醫院獲得性肺炎的發病途徑有外源性和內源性兩大類，前者與醫院、病室的環境因素、各類侵襲性和非侵襲性治療操作等因素有關，后者則與機體自身因素有關，如呼吸道和胃腸道寄殖菌，基礎疾病和免疫狀態等。因此應針對這些環節進行預防。
1.預防外源性感染 嚴格消毒隔離制度和切實執行無菌操作技術是關鍵，應注意教育和管理。醫務人員進行接觸病人和各項操作前應洗手，各項侵入性操作時應帶消毒手套、口罩和隔離衣。對于已有多藥耐藥菌感染的肺炎患者，應適當隔離以盡量避免交叉感染。注意病室空氣(層流室)和醫療器械消毒，尤其是各種呼吸治療器械的嚴格消毒，如霧化吸入裝置，吸痰裝置，氧療裝置等。
呼吸機肺炎發病率極高，積極治療原發疾病，爭取早日撤機，以盡可能縮短人工氣道留置時間和機械通氣時間，可以明顯降低發病率。而在呼吸機治療期間，尤應重視呼吸道的無菌操作，保持呼吸道通暢。呼吸機裝置(慮菌器)可能減少吸入氣體的帶菌數量，并避免呼出氣污染病室環境。
2.減少內源性感染 口咽部和胃腸道定植菌吸入量是內源性感染的重要途徑，良好的護理措施可減少口咽部分泌物和胃內容物誤吸的發生，如經常變動體位，喂食時取口高位，胸部理療，口腔護理，正確氣管插管護理和胃腸引流技術，對長期臥床者可采用搖動床轉動體位，促進呼吸道分泌物的排出。對于可能出現應激性潰瘍的重危病員，采用制酸劑預防消化道出血，可能因為使胃液pH值增高，導致胃內發生定植菌大量繁殖，增加誤吸引起醫院獲得性肺炎的機會。因此多建議采用胃黏膜保護劑如硫糖鋁。有3組薈萃分析對硫糖鋁，H2受體阻滯藥(西米替丁)和制酸劑的應用進行比較。使用硫糖鋁組醫院獲得性肺炎發病率最低，使用制酸劑組則最高，使用西米替丁組雖高于硫糖鋁組，但與安慰劑組相比并不增加醫院獲得性肺炎的發生率。可能因西米替丁雖使胃液pH值增高，但不增加胃液容積，因此發生反流和誤吸機會較少。此外如采用空腸造口進行腸道營養治療，而不必放置鼻胃導管，則引起反流機會更少。
預防性使用抗生素的以減少口咽部和胃腸道潛在致病菌的方法尚有爭議。許多研究認為無論呼吸道局部抗生素的應用，選擇性消化道脫污染(selective decontamination of the digestive tract，SDD)，全身應用抗生素不一定能降低肺炎的發生率，且可能導致耐藥菌株的出現，增加治療困難，宜慎重。曾應用氣管內滴入或吸入慶大霉素或多粘菌素B等，雖然口咽部革蘭陰性桿菌定植菌減少，但醫院獲得性肺炎的發生率和治療率未見改善，可能與出現耐藥菌有關。近年對選擇性消化道脫污染(SDD)報道較多，認為與對照組相比較，SDD發生率較低，但多數為非雙盲隨機對照。曾較多報道采用口服多粘菌素，妥布霉素和慶大霉素等藥物，在胃腸道內不被吸收而保持較高藥物濃度，對變形桿菌，Moganellla，沙雷菌屬和銅綠假單胞菌等革蘭陰性桿菌，其他替代藥物尚包括氟喹諾酮類和萬古霉素等，但并未被普遍接受，可能有選擇性地應用于外科手術病例，尚不失為值得探索的方法。
3.免疫預防 采用綜合性措施，如營養支持，糾正機體內環境失衡等，以圖減少醫院獲得性肺炎的發生。營養不良會增加肺炎的發生，營養支持治療具有重要地位。經腸道營養具有刺激小腸黏膜，防止細菌易位的作用，但應注意方法。例如鼻飼方法如果灌入量過大會引起胃內容物反流而吸入，尤其在仰臥體位時的長期留置鼻飼導管亦可能引起鼻炎。經空腸造口術作腸道營養支持，可能避免反流現象。
肺炎球菌疫苗和流感病毒疫苗可有選擇地應用于某些高危患者。銅綠假單胞菌免疫球蛋白，抗內毒素血清和免疫球蛋白等的預防作用有限。正在研究一些具免疫調節作用的生物制劑，如IL-1受體拮抗劑，腫瘤壞死因子(TNF)抗體，廣譜抗脂多糖抗體，環氧酶抑制劑等。