子宮輸卵管通水術雖然因為設備簡單、操作便利、價格低價格低廉等優點而在很長一段時間內被臨床上普遍運用，但在長期運用中也暴露出了以下弊端：
1、子宮輸卵管通水術是用一只導管把液體注入宮腔，宮腔體積和表面積較導管和輸卵管腔的橫斷面積大得多，根據流體動力學原理，壓強等于受力面積分之壓力，所以所注入液體到輸卵管內的壓力非常有限。
2、實際臨床工作中我們也發現子宮輸卵管通水術誤診率高，達50%以上，既不能確定輸卵管梗阻部位，又不能明確輸卵管梗阻嚴重程度及性質，且有造成象患宮外孕那樣輸卵管破裂大出血的危險。
3、因為子宮輸卵管造影的基本原理和子宮輸卵管通水術基本相同，若輸卵管粘連較輕，經子宮輸卵管造影時就已恢復通暢，若子宮輸卵管造影不能使輸卵管粘連得以復通，那么再經子宮輸卵管通水術也不會有什么效果。
4、子宮輸卵管通水術是一種盲通，通液過程中看不到注入的液體在患者體內的具體進程，從而無法明確輸卵管梗阻部位、性質，這對確定輸卵管梗阻治療方法和療效來說毫無幫助。