常用細菌質粒進行構建，構建過程中運用限制性核酸內切酶切割出與目的基因相合的末端（多為黏性末端，也有平末端），采用DNA連接酶連接，導入生物體實現表達。標記基因可幫助識別質粒并檢測是否成功整合到染色體DNA中。
表達載體（Expression vectors）就是在克隆載體基本骨架的基礎上增加表達元件（如啟動子、RBS、終止子等），使目的基因能夠表達的載體。如表達載體pKK223-3是一個具有典型表達結構的大腸桿菌表達載體。其基本骨架為來自pBR322和pUC的質粒復制起點和氨芐青霉素抗性基因。在表達元件中，有一個雜合tac強啟動子和終止子，在啟動子下游有RBS位點（如果利用這個位點，要求與ATG之間間隔5-13bp），其后的多克隆位點可裝載要表達的目標基因。