1.肺炎衣原體感染在臨床及X線檢查上均無特異性表現，尤其β-內酰胺類治療無效時應進行相關病原學或血清學檢查。外周血白細胞多正常，血沉常增快。確診有賴于病原和血清學檢查以及PCR檢測。
2.沙眼衣原體感染引起的結膜炎、肺炎及泌尿生殖系統感染的臨床表現缺乏特異性，故需經病原學或血清學檢查方可確診。新生兒衣原體肺炎多發生在出生后4～11周，如合并包涵體結膜炎則高度提示為沙眼衣原體感染，應及時進行病原學檢查并除外其他細菌、病毒或支原體等感染。
3.沙眼衣原體泌尿生殖系統感染是重要的性傳播疾病之一，有性亂史者應考慮本病，需做相應的病原學及血清學檢查，并于淋病奈瑟菌性尿道炎相鑒別，二者偶可并存發病。
4.性病淋巴肉芽腫需與單純皰疹病毒、梅毒、軟下疳及其他下肢、下腹部、臀部、外生殖器、肛門區炎癥所致的腹股溝淋巴結腫大相鑒別，診斷與鑒別診斷有賴于流行病學史、臨床表現及實驗室病原學檢測。
5.鸚鵡熱患者有持續高熱、相對緩脈、嚴重頭痛和非特異性肺炎表現而白細胞計數正常，有鳥類密切接觸史時，應初步懷疑鸚鵡熱，確診有賴于病原學及血清學檢查。