蜂蠟是親脂性物質，容易吸收脂溶性農藥。當蜂蠟用于食物、化妝品及巢礎后，殘留的農藥會向消費者或蜜蜂釋放出來。為了殺螨而在蜂巢內使用的許多殺螨劑也能被蜂蠟吸收，且不能通過提取而去除。被污染的巢脾又會污染與其接觸的蜂蜜，毒害幼蟲和成蟲。蜜蜂接觸到農業殺蟲劑和獸醫產品的程度隨著蜂箱及其產品的污染而增加。蜂蠟吸收有害殘留物的量是蜂蜜的好幾倍，在花粉和蜂蠟中殺蟲劑的檢出率高于蜜蜂蟲體及蜂蜜。舊巢脾因使用多年，可能會攜帶各種病菌、寄生蟲，經加熱融化成原蜂蠟，蜂蠟的熔點僅為62℃-67℃，若加工溫度過低，時間過短，可能不會有效消滅寄生蟲卵或微生物。蜂蠟是蜂巢內產量最少的可再生資源，蜂蠟一旦被污染，污染物仍會殘留在新生產的巢礎中。