葡萄球菌抗原構造復雜，已發現的在30種以上，其化學組成及生物學活性了解的僅少數幾種。
1．葡萄球菌A蛋白（Staphylococcal protein A,SPA）存在于菌細胞壁的一種表面蛋白，位于菌體表面，與胞壁的粘肽相結合。它與人及多種哺乳動物血清中的lgG的Fc 段結合，因而可用含SPA的葡萄球菌作為載體，結合特異性抗體，進行協同凝集試驗。A蛋白有抗吞噬作用，還有激活補體替代途等活性。SPA是一種單鏈多肽，與細胞壁肽聚糖呈共價結合，是完全抗原，具屬特異性。所有來自人類的菌株均有此抗原，動物源株則少見。
2．多糖抗原具有群特異性，存在于細胞壁，借此可以分群，A群多糖抗原體化學組成為磷壁酸中的N-乙酰葡胺核糖醇殘基。B群化學組成是磷壁酸中的N-乙酰區糖胺甘油殘基。
3．莢膜抗原幾乎所有金黃色葡萄球菌菌株的表面有莢膜多糖抗原的存在。表皮葡萄球菌僅個別是菌株有此抗原。