一、根據水解方式分類
根據不同葡萄糖苷酶對寡糖底物的水解方式，可將其分為外切（exo-）葡萄糖苷酶與內切（endo-）葡萄糖苷酶。外切葡萄糖苷酶是指從寡糖底物的一端（還原端或非還原端）進行水解的葡萄糖苷酶，而內切葡萄糖苷酶則是指從寡糖底物的中間部分開始水解的葡萄糖苷酶。
二、根據水解糖苷鍵的類型分類
由于葡萄糖苷鍵的成鍵方式分為α-型與β-型兩種，因此，其所對應的葡萄糖苷酶分別被稱為α-葡萄糖苷酶與β-葡萄糖苷酶。
根據CAZy的具體分類，α-葡萄糖苷酶主要分布于GH4、GH13、GH31、GH63、GH97以及GH122六個家族中；而β-葡萄糖苷酶主要分布于GH1、GH3、GH5、GH9、GH17、GH30、GH116等七個家族中。
三、根據水解前后葡萄糖分子的構型分類
根據比較水解前后，被水解掉的葡糖基中異頭碳的構型是否發生改變，可將葡萄糖苷酶分為保留型葡萄糖苷酶與翻轉型葡萄糖苷酶。前者在水解過程前后，葡糖基的異頭碳構型不發生改變；而后者則會使底物異頭碳的構型發生翻轉。