1.火器傷
舌咽神經的單獨損傷極為少見，偶爾因小彈片傷所致。在下頜后間隙火器傷中，舌咽神經常與迷走神經、副神經一同受傷。下頜骨水平支受傷時。舌咽神經亦常與迷走神經及面神經同時受傷。
2.手術誤傷
頸動脈手術、頸椎前入路手術、甲狀腺手術等常可誤傷舌咽神經顱外段；顱后窩頸靜脈孔區手術可誤傷舌咽神經的顱內段及頸靜脈孔段。
3.骨折
顱底骨折時骨折線經枕骨髁累及頸靜脈孔，挫傷或擠壓舌咽神經。
4.腫瘤壓迫和浸潤
可造成舌咽神經的損傷和損害。如顱底頸靜脈孔區及其附近區域的頸靜脈球瘤、巨大聽神經瘤、腦（脊）膜瘤、上皮樣囊腫、脊索瘤、顱骨性腫瘤及惡性腫瘤的顱底轉移；顱后窩頸靜脈孔區腫瘤；顱底外側的腫瘤等。
5.顱頸交界區畸形
如顱底陷入、扁平顱底、小腦扁桃體下疝畸形。
6.核性損傷
急性核性損傷常見于腦干血管病變、腦干灰質炎等。慢性損傷常見于延髓積水，腦干及高頸段髓內腫瘤及多發性硬化等。