1.CT檢查
不僅可以準確定位，而且對病變的范圍、大小、是否合并感染等都能準確診斷。鰓裂囊腫通常表現為沿胸鎖乳突肌上、下走行，類圓形或橢圓形軟組織塊影，中心密度低，不強化，但囊壁（邊緣）可強化，境界清楚。若病變位于頸前三角區，第二鰓裂囊腫最多見。若囊壁增厚，邊緣不光滑，強化掃描可見囊壁明顯強化，與周圍組織結構分界不清晰，囊內容物密度增高，提示囊腫有感染。
2.MRI檢查
該檢查同CT一樣能夠提供病變部位及范圍等信息。根據其囊內容物性狀（蛋白含量）不同而呈T1WI和T2WI不同信號值。一般在T1WI呈均勻低信號、邊界清楚，T2WI呈均勻高信號；囊內信號升高或囊壁增厚，周圍組織間隙欠清，T1WI呈稍低信號、T2WI呈稍高信號，增強后囊壁有強化，提示感染。
3.B超檢查
多于胸鎖乳突肌上1/3深面及前緣，相當于下頜角水平的頸動脈三角內探及圓形腫塊。顯示內部無回聲，后方回聲增強；若囊腫合并感染時，囊內呈低弱回聲暗區，分布不均。繼發感染時，囊壁增厚，毛糙。
4.針吸穿刺
對孤立性囊腫或合并囊腫的瘺管可以采用針吸穿刺進行病檢。既可了解腫塊是否為囊性，又可通過抽出的內容物來判斷性質。囊腫的內容物多樣化，可為乳白色，灰白色，黃褐色，豆渣樣，稀薄或黏稠，含或不含膽固醇結晶。
通常穿刺可抽出黃白色或灰黃色黏液或濃稠上皮樣分泌物，病檢常可見膽固醇晶體，如鏡下見到鱗狀上皮及其角化物或柱狀上皮即可確診。