對腎皮質膿腫的診斷及鑒別診斷須做影象學檢查。排泄性尿路造影通常僅能發現一些非特異性的改變，腎皮質膿腫增大時，可發現占位性病變的影象。鎵（Ga67）枸椽酸鹽和銦In111示蹤的白細胞作放射性同位素掃描對診斷有幫助。腎皮質膿腫融合并形成充滿膿液的厚壁腫塊時，腎B超檢查可證實。但在膿腫形成的初期，腎超聲波檢查易將腎膿腫誤診為腎腫瘤。同樣，腎動脈造影也不能將腎膿腫與缺血性或囊性腎腫瘤相鑒別。診斷腎膿腫最準確的影象學檢查是CT掃描。在超聲或CT指導下進行穿刺吸膿不僅可明確診斷和確定致病菌，同時也可建立引流通道進行治療。