多數肌病以肢體近端肌肉受累為重，故臨床上活檢部位多首選上肢肱二頭肌和下肢股四頭肌外側肌，上述肌肉活檢后較少影響病人活動。對急性肌病如多發性肌炎，應選壓痛明顯或肌無力較重的部位；對慢性肌病應選中等損害的部位，因萎縮嚴重的部位肌纖維常常被脂肪組織代替，如肌營養不良患者，股四頭肌受累較重，則選肱二頭肌。另外肌電圖改變明顯的部位也可作為參考條件，但不宜在肌電圖檢查的部位活檢，可在肌電圖檢查的對側取活檢，以免針電極對肌組織的損傷造成病理判斷上的困難而影響結果。
