細菌耐藥屬于一種自然現象，是千百年來微生物進化的結果。細菌的抗藥性是細菌進化選擇的結果，抗生素的濫用加劇了細菌耐藥性的產生。細菌在生長繁殖過程中會產生耐藥性基因的突變，在使用抗生素的選擇壓力下，耐藥性細菌被篩選出來并優勢繁殖。抗生素的濫用主要有兩種形式：一是在人類疾病治療過程中濫用抗生素；另一個是動物飼料添加抗生素的問題。有統計數據表明，世界上抗生素總產量的一半左右用于人類臨床治療，另一半則用在了畜牧養殖業。 [1]
產生耐藥的細菌通過以下方式產生耐藥：細菌改變自己結構，不和抗菌藥物結合，避免抗菌藥物作用；細菌產生各種酶，破壞抗菌藥物（如NDM -1）；構建自身防御體系，關閉抗菌藥物進入細菌的通道或者把已經進入細菌體內的抗菌藥物排出菌體。 [1]
同自然界其他生物一樣，細菌的基因也在進化中隨機發生突變。對抗生素敏感的細菌被殺死了，而基因突變后不敏感的細菌則可能存活下來，經過一次次的“遭遇戰”，存活下來的細菌都積累了豐富的“戰斗經驗”，成為變異的品種。如綠膿桿菌可以改變細胞膜的通透性，阻止青霉素類藥物的進入；結核桿菌通過改變體內蛋白質結構阻止抗生素與其結合；更有甚者，有的革蘭氏陰性菌可以主動出擊，用水解酶水解掉青霉素和頭孢菌素類藥物。細菌不但可以將突變的基因遺傳給下一代，還可以通過直接接觸、質粒傳遞等方式把耐藥性傳遞給異種菌株。