IBS診斷標準以癥狀學為依據，診斷建立在排除器質性疾病的基礎上，推薦采用國際公認的羅馬Ⅱ標準：過去12個月至少累計12周(不必是連續的)腹部不適或腹痛，并伴有如下3項癥狀的2項：
①腹部不適或腹痛在排便后緩解；
②腹部不適或腹痛發生伴有排便次數的改變；
③腹部不適或腹痛發生伴有大便性狀的改變。
以下癥狀不是診斷所必備，但屬IBS常見癥狀，這些癥狀越多越支持IBS的診斷；
①排便頻率異常(每天排便>3次或每周排便<3次)；
②糞便性狀異常(塊狀/硬便或稀/水樣便)；
③糞便排出過程異常(費力、急迫感、排便不凈感)；
④黏液便；
⑤胃腸脹氣或腹部膨脹感。缺乏可解釋癥狀的形態學和生化異常。