這三者是對基因的功能所作的區分，是以直線形式排列在染色體上。
結構基因：是決定合成某一種蛋白質或RNA分子結構相應的一段DNA。結構基因的功能是把攜帶的遺傳信息轉錄給mRNA（信使核糖核酸），再以mRNA為模板合成具有特定氨基酸序列的蛋白質或RNA。
調節基因：是調節蛋白質合成的基因 [3] 。它能使結構基因在需要某種酶時就合成某種酶,不需要時,則停止合成，它對不同染色體上的結構基因有調節作用。
操縱基因：位于結構基因的一端，是操縱結構基因的基因。當操縱基因“開動”時,處于同一染色體上的，由它所控制的結構基因就開始轉錄、翻譯和合成蛋白質。當“關閉”時，結構基因就停止轉錄與、翻譯。操縱基因與一系列受它操縱的結構基因合起來就形成一個操縱子。