細胞質(cytoplasm)在細胞膜以內、細胞核以外的部分為細胞質。用光學顯微鏡觀察活的細胞(如成纖維細胞),可見細胞質呈半透明、均質的狀態,粘滯性較低。若用微針刺細胞膜時感到有阻力,但穿過細胞膜到細胞質中則不感到有阻力,微針能自由活動。在細胞質中還可見不同大小的折光顆粒,這是細胞器和內含物等。細胞器(organelle)又稱“細胞器官”,簡稱“胞器”,是細胞生命活動所不可缺少的,具有一定的形態結構和功能。內含物(inclusions)是細胞代謝的產物或是進入細胞的外來物,不具代謝活性。除去細胞器和內含物,剩下的均質、半透明的似無什么結構的膠體物質,稱為基本細胞質或細胞質基質(fundamental or basic or ground cyto-plasm或 cytoplasmic matrix)。雖然它在光學顯微鏡下看來沒什么結構,但在電子顯微鏡下卻呈現出很復雜的內膜系統,是為內質網。因此細胞質基質的概念受電子顯微鏡檢的影響很大,不過有條件的理解,基質的含義仍然不變,即在細胞中除了可見的結構外,均質透明的部分為基質。