本病臨床表現輕重不等全身性巨細胞包涵體病主要發生于新生兒和幼嬰期如此時見到黃疸肝脾腫大皮膚瘀點小頭畸形顱內鈣化等應注意與弓形體病敗血癥、先天性膽道梗阻、乳兒肝炎、全身性單純皰疹、先天性白血病、先天性風疹綜合征等鑒別。
單靠臨床表現不能診斷CMV感染，從臨床標本中分離出病毒，同時抗體呈出4倍以上增加或持續抗體滴度升高，將有助于診斷。
一、病毒分離
最好用唾液、尿液、生殖道分泌物、乳汁和白細胞，接種到人的成纖維細胞內繁殖和分離，細胞病變效應(CPE)在1天或數周后出現，經固定和HE染色后可觀察到巨細胞，核內有內包涵體，核周暈圈及嗜酸性胞漿內包涵體，很象“貓頭鷹眼”(owl′s eye)亦可用單克隆或多克隆抗體的熒光染色等方法檢查。
二、血清抗體檢測
最常用的有補體結合試驗(CF)、間接免疫熒光試驗(IIF)、免疫酶試驗(EIA)、間接血凝試驗(IHA)和放射免疫試驗(RIA)等檢測CMV-IgG和IgM抗體。當單份血清標本已確定既往有CMV感染時，應當立即留血清標本，以及間隔2周、4周、8周再留血清標本，結合病毒分離可作原發感染診斷。
三、DNA探針
已廣泛應用于檢測CMV，其中以32P標記的探針敏感性最高，對某些標本來說，雜交方法可能比病毒分離更敏感。
四、聚合酶鏈式反應(PCR)