1.感染因素
由于本病病理改變和臨床表現很像痢疾而認為是慢性痢疾；也曾被懷疑其他細菌或病毒等，但均未完全被證實。Mitchell用Crohn病患者小腸組織轉移到動物可引起與Crohn病相似改變，有人研究這種轉移的因子可能是病毒或變體的細菌。
2.免疫因素
曾有人報告本病是由于對食物過敏，如牛奶或其他蛋白，排除這種食物病情有所好轉。有人發現本病患者血清有抗結腸抗體，因而認為是自身免疫性疾病。也證明有其他抗體如RF、ANA存在，并發現免疫復合物高，抗原性質不明，抗體為IgG。Pedmann證明本病患者血循環內有細胞毒性淋巴細胞，這種細胞當手術切除結腸后則消失。Shorter等研究指出IgM結合于這種細胞，并證明這種細胞與結腸細胞和腸細菌抗原有交叉反應。這可解釋為患者血液不足或外傷時破壞了正常黏膜屏障而形成對某種腸微生物抗原的致敏，正常人免疫因素可抑制這種超敏反應，當患者無能力抑制這種炎癥反應，則可由于新的細菌或腸黏膜周期性被刺激，而表現為疾病的重新活動。嚴重病例可伴有多發性關節炎和皮疹，因而認為本病是一種慢性膠原性疾病，是由自身免疫反應引起的。
3.精神因素
本病多由于患者情緒緊張或精神創傷而引起發病或誘發病情惡化。有人認為神經精神因素可能是本病的原因之一。大腦皮質活動障礙可通過自主神經系統的功能紊亂，產生腸道及其血管的平滑肌痙攣，而形成結腸黏膜的糜爛和潰瘍。
4.免疫遺傳基因
Asguith研究IBD患者的HLA，發現HLA-A11和HLA-B7增加；Nahir發現HLA-A2、HLA-BW35和HLA-BW40增加，與正常對照組差異無顯著性，但伴有AS或骶髂關節炎的IBD患者HLA-B27是增加的。說明本病可能與免疫遺傳基因有關。