在之后的研究中陸續發現,細菌和真核的RNase P RNA有相同的起源祖先,但是卻沿著不同的進化道路有了分化:真核的RNase P RNA在沒有蛋白的存在的時候是不具有催化功能的,細菌的RNA則相反——沒有蛋白也同樣可以催化底物。
通過比較這兩種不同的RNA,研究人員逐漸清楚了解了這個RNA和蛋白結合世界的轉換,他們發現雖然真核生物RNAs不能單獨催化底物,但是即使在沒有蛋白的存在下,也可以折疊成有功能的形式,并結合到tRNA上去。基于這些交聯反應結果和細菌RNAs的晶體結構,研究人員得到了一種真核RNase P RNA三級結構模型,這種RNA包含一個核心與細菌RNA相似的結構,但是這個結構沒有細菌RNAs催化的特征和三級結構的穩定性。