標記基因，原本是基因工程的專屬名詞，但是它已經成為一種基本的實驗工具，廣泛應用于分子生物學、細胞生物學、發育生物學等方面的研究。
標記基因是一種已知功能或已知序列的基因，能夠起著特異性標記的作用。在基因工程意義上來說，它是重組DNA載體的重要標記，通常用來檢驗轉化成功與否；在基因定位意義上來說，它是對目的基因進行標志的工具，通常用來檢測目的基因在細胞中的定位。
