①確定病變性質，以便決定手術方案。如對一個性質不明的病變，在手術臺上取病變送檢，等20～30分鐘，如冷凍切片診斷為炎性或良性腫瘤，則手術范圍很小即可；如為惡性，則立即做擴大切除的根治術。
②了解病變，特別是惡性腫瘤的生長、擴散情況，如浸潤的范圍、深度，有無淋巴結轉移，以及手術切除的邊緣組織有否瘤細胞等，以決定手術范圍。
③確定所取標本是否含有預定的組織器官或病變，如要切除甲狀旁腺，但在術野中分辨不清，即可通過冷凍活檢幫助確認。
術中活檢的最大優點就是在手術進行當中，即能對性質不明的病變予以確診，使臨床能立即確定手術治療方案，避免再第二次進行治療性手術。可畢其功于一役，患者免受二次手術，醫護人員可省去再一次手術的勞頓。其次，起到了為外科醫生安上了上百倍放大鏡作用，能知道病變侵犯多深，多遠，切緣有無瘤細胞等。
其缺點是，快速冷凍技術有很大的局限性：
①不是所有的活檢材料都適于做快速冷凍檢查，僅適用于體表器官（如乳腺、甲狀腺）或內部器官手術探查，并需弄清良、惡性時才應用。而對一些病變復雜的疾病和需要辨認細胞微細結構的腫瘤（如淋巴瘤）等均不適用。
②受取材等限制，常有假陰性（漏診）。
③由于制片、染色時間短，切片厚，組織細胞結構不如普通石蠟切片清晰，又要在幾分鐘之內完成觀察、分析并做出診斷，沒有更多時間思考，更沒有查找文獻的時間，故診斷難度大，常需有豐富經驗的病理醫師。
④由于上述原因，且其準確率僅在90%左右，未能確診率和假陰性率高，假陽性率也可發生。所以，快速冷凍活檢僅是一種應急的初步的定性診斷，在此之后，還需把冷凍活檢材料再做普通石蠟切片進行病理檢查，才算最后的診斷。如有術中冷凍漏診、誤診，再行二次手術或其它補救措施。