1.免疫學檢查
患者外周血象中CD4細胞明顯下降，早期CD4可＞500/μl，晚期＜200/μl直至降到0。CD8細胞變化不明顯，因此CD4/CD8比例逐步降低或倒置，正常兒童比例為1.4～2.0。
Moodley等報道出生時抗體滴度增高，但與非感染患兒相比無明顯差別，于生后6個月內表現出抗體滴度的降低趨勢，隨后于6至15個月內則表現出明顯的升高趨勢。
2.血清學檢查
HIV感染后1～4周內可測得HIV抗原（核心抗原p24），以后逐步消失，直至AIDS階段又重現陽性。在HIV感染后3～12周可測得核心抗gp41抗體，抗gp41IgG可持續終生。由于年齡在15個月以內的小嬰兒抗體有可能反應來自母親的抗體，故新生兒應行HIV培養或PCR檢查以確診。
3.病毒學檢查
HIV-1病毒分離在生后一周內的敏感度為35%，病毒分離陽性即可確診。
以體外淋巴細胞培養再以Northern吸印法測淋巴細胞中的HIV-RNA或取血清以Westernblot測HIV各抗原蛋白或以PCR法直接檢測HIV-DNA。
4.其他輔助檢查
應做X線檢查、B超檢查、CT檢查等，結合臨床綜合征表現，可發現卡氏肺囊蟲肺炎、腫瘤等各種表現。