病變多由急性腸炎延治或誤治誘致，胃腸粘膜充血、水腫、滲出、逐漸加重，其表面片狀黃色滲出物，呈彌漫性形成；粘膜皺壁層糜爛面加深或出血量大；表層上皮細胞壞死脫落更加嚴重，因粘膜血管損傷嚴重伴出血，更明顯可見血漿外滲，粘膜下層有出血，水腫甚穿孔，或發現腸粘膜紊亂、腸痙攣、腸曲縮短，胃腸或腸曲之間瘺管、結腸袋形成加深或消失、充盈缺損等等，有時可伴發腸憩肉，或直腸癌、結腸癌病變。
中醫對慢性腸炎的認識
祖國醫學無慢性腸炎的病名，但根據其病的臨床特點，屬中醫學的慢性腹痛、慢性腹瀉范疇。其發病原因可見脾胃虛弱、腎陽虛衰、和肝氣乘脾、瘀阻腸絡等。其病位，本病在脾胃，與肝腎密切相關。其病性，本虛標實，虛實夾雜。脾胃肝腎之氣失司為本，胃腸功能失調為輔，致氣血逆亂，臟腑失調，陰陽不和等病理變化。清濁不分、混雜而下，走于大腸泄瀉為其臨床特點。
(1)脾胃虛弱：久病不愈或寒濕之邪困阻中焦，使脾胃虛弱。脾為中土，喜燥惡濕，主運主升。胃乃腑臟，喜潤惡燥、主受納主降。兩者相輔相成，一納一運，燥濕相濟，共同完成吸收轉運水谷功能。今脾胃虛弱，清濁不分，升降失和，致氣機逆亂，致水反為濕，谷反為滯，濕滯內停，腸腑混濁而下，遂成本病。
(2)腎陽虛衰：腎為先天之本，又為命門之火臟，主一身陽氣，具有溫煦、氣化、推動氣血、臟腑的功能。腎陽不足，命門火衰，脾陽得不到陽氣的溫煦，致脾腎陽虛，陰寒積盛，胃關不固，中氣下陷，運化失司，久瀉不止，疼痛纏綿，致發本病。
(1)病因：本病病因主要由于飲食不節、情志失調和房事過度而致脾肝腎功能障礙。脾胃為后天之本。脾主運化水谷精微，胃主受納，為水谷之海。肝主疏泄、肝氣條達，則疏泄有利于脾胃之氣的升降。腎為先天之本，命門火衰，不能溫煦脾陽，而致泄瀉遂成本病。
(2)病機：①病位：本病在脾胃，與肝腎關系密切。②病性：本虛標實，虛實夾雜。脾胃肝腎之氣失司為本，導致清濁不分，升降失和，混雜而下，并走大腸泄瀉為標。③病勢：本病的發生是以先天之氣不足、肝失疏泄、脾胃失和，氣機升降逆亂為主，漸及它臟，臟腑失調。以泄瀉、腹痛、腸鳴為臨床特點。④發病：脾失健運、胃失和降、腎陽不足、肝失疏泄，致消化、吸收發生障礙而致泄瀉。病情反復發作，時輕時重，纏綿難愈，病程較長。