引起腸系膜上動脈發生栓塞的栓子多來源于心臟。患者常有心臟病史，如心臟瓣膜病、多種原因所致的心房纖維顫動、心肌梗死和細菌性心內膜炎等。來自心房內的血栓、附著于瓣膜上的贅生物、附壁血栓及動脈硬化后形成的斑塊等如發生脫落，均可隨血循環而阻塞腸系膜上動脈。而血栓形成多見于動脈硬化造成的管腔狹窄部，此處因血流緩慢，故易導致血栓形成。此外，其他因素如脾切除等手術后、長時間的脫水、休克及血液高凝狀態都是引起腸系膜上動脈血栓形成的常見原因。
