引物自身不應存在互補序列，否則引物自身會折疊成發夾結構（Hairpin）使引物本身復性。這種二級結構會因空間位阻而影響引物與模板的復性結合。引物自身不能有連續4個堿基的互補。
兩引物之間也不應具有互補性，尤其應避免3′ 端的互補重疊以防止引物二聚體（Dimer與Cross dimer）的形成。引物之間不能有連續4個堿基的互補。 引物二聚體及發夾結構如果不可避免的話，應盡量使其△G值不要過高（應小于4.5kcal/mol，?G 值是指 DNA 雙鏈形成所需的自由能，該值反映了雙鏈結構內部堿基對的相對穩定性 [3] ），否則易導致產生引物二聚體帶，并且降低引物有效濃度而使PCR 反應不能正常進行。