引起腹痛的原因很多，幾乎涉及各科疾病。既可以是腹內臟器病變，也可以是腹外病變；可以是器質性的，也可以是功能性的；可以是內科疾患，也可以是外科疾患，甚至最初為內科疾患，以后病情發展而以外科情況為主。
1.內科性腹痛
一般指內科疾患引起腹痛，一般無須手術治療，主要包括：①腹內疾病：急性胃炎、胃腸炎、腸痙攣性絞痛、腸系膜淋巴結炎、病毒性肝炎、尿路感染，細菌性痢疾等。②腹外疾病：腹腔以外疾病也可表現為腹痛，甚至可能是首發癥狀。包括呼吸系統疾病（上呼吸道感染、扁桃體炎、大葉性肺炎、急性胸膜炎）、心血管疾病（急性心力衰竭、心包炎、心肌炎）、變態反應性疾病（過敏性紫瘢、蕁麻疹、血管神經性水腫）、神經系統疾病（肋間神經痛、腹型癲癇）、代謝性疾病（低血糖癥、尿毒癥、卟啉病）、傳染病（傷寒、流行性腦脊髓膜炎）以及敗血癥、帶狀皰疹、鉛中毒等。
2.外科性腹痛
一般起病急驟、腹痛明顯，且往往需緊急手術治療。主要有急性闌尾炎、胃和十二指腸潰瘍合并穿孔、機械性腸梗阻、腸套疊、腸系膜動脈栓塞、急性腸扭轉、回腸憩室炎并發穿孔，梗阻、原發性或繼發性腹膜炎、嵌頓性腹股溝疝、泌尿道結石、腎盂積水、肝破裂、脾破裂、卵巢囊腫扭轉、睪丸蒂扭轉、髂窩膿腫等。
3.非特異性腹痛
非特異性腹痛是一種常見的兒童心身疾病，患病率在5～10%，呈發作性，持續一段時間可自行緩解；疼痛一般不劇烈，可伴有惡心、嘔吐等癥狀；疼痛部位不定，以上腹部或者臍周為多見；臨床或實驗室檢查往往沒有陽性發現。原因不明，可能與情緒因素、家庭成員的過度焦慮有關。可表現為學校恐怖癥、兒童抑郁癥、進食障礙、兒童癔癥等。