1.急性腸套疊
病因尚不清楚，可能與下列因素有關：
（1）飲食改變 生后4～10個月，為添加輔食及增加乳量的時期，也是腸套疊發病高峰期。由于嬰兒腸道不能立即適應所改變食物的刺激，導致腸道功能紊亂，引起腸套疊。
（2）回盲部解剖因素 嬰兒期回盲部游動性大，回盲瓣過度肥厚，小腸系膜相對較長，嬰兒90%回腸瓣呈唇樣凸入盲腸，長達1厘米以上，加上該區淋巴組織豐富，受炎癥或食物刺激后易引起充血、水腫、肥厚，腸蠕動易將回盲瓣向前推移，并牽拉腸管形成套疊。
（3）病毒感染 系列研究報道急性腸套疊與腸道內腺病毒、輪狀病毒感染有關。
（4）腸痙攣及自主神經失調 由于各種食物、炎癥、腹瀉、細菌毒素等刺激腸道產生痙攣，使腸蠕動功能節律紊亂或逆蠕動而引起腸套疊。
（5）遺傳因素 有些腸套疊患者有家族發病史。
（6）先天性腸管畸形和其他器質性疾病 如梅克爾憩室、先天性腸重復畸形等都會成為急性腸套疊的誘因。
2.慢性復發性腸套疊
多見于年長兒及成人，其發生原因常與腸道存在氣質型病變而引起的繼發性套疊，腸管器質病變常見有腸息肉、憩室、重復畸形、紫癜血腫、腫瘤及結核等。