潰瘍性結腸炎患者的預后取決于疾病的類型、并發癥的有無以及治療條件。對兒童患者的長期觀察表明：約有10%的患兒在首次發作后可獲得長期的緩解；仍有20%的患兒反復發作；有50%的患兒長期存在較輕微的癥狀，而20%的患兒持續存在較重的癥狀。全結腸炎患者手術幾率高。與成人患者不同，約有1/3的直腸、乙狀結腸炎患兒其病變范圍在初發的5年之內向近端蔓延。觀察表明：只有大約20%的兒童患者生活質量不受影響。由于潰瘍性結腸炎的結腸癌變率較高，故對兒童患者應進行嚴格的長期隨訪觀察。
1.UC 小兒約90%呈中度重度、病變廣泛、很少有完全緩解，徹底手術治療可治愈，約20%～30%在急性重癥期需立即手術，幾乎所有重癥者最終需手術治療。UC患兒10年后有結腸癌的危險性，并逐年上升，故對病程10年以上患兒，每6～12個月需行纖維結腸鏡檢查與活體組織檢查。國外報道手術病死率20%，癌變率3%～5%。
2.CD 小兒CD預后較差，反復緩解與加劇交替進行是本病特點，約70%患兒需要手術治療。回腸型較單純結腸型預后更差，其手術率、復發率、再手術率高，死亡率高。死亡原因多見于復發、膿腫、穿孔和嚴重營養不良。