1.解剖生理特點 輸尿管膀胱連接部解剖生理特點與反流的形成有密切關系，正常輸尿管肌層主要由疏松不規則螺旋形肌纖維組成，進入膀胱壁段才呈縱行纖維，外被一纖維膜稱瓦耶(Waldeyer)鞘包繞，下行附于膀胱三角區深層，該鞘起著輸尿管膀胱連接部的瓣膜作用，當膀胱排尿時鞘膜收縮使輸尿管口閉合，尿液不會向輸尿管反流。
2.先天發育異常 反流原因為輸尿管膀胱連接部的先天性異常，主要是輸尿管膀胱壁內段的縱行肌肉發育不良，致使輸尿管口外移，黏膜下段輸尿管縮短，從而失去抗反流的能力。另一原因是黏膜下段輸尿管的長度與其口徑不相稱。正常無反流時，黏膜下段輸尿管的長度與其直徑的比例為5∶1，而有反流者僅為1.4∶1。此外，輸尿管旁憩室、輸尿管開口于膀胱憩室內、異位輸尿管口、膀胱功能紊亂，也可造成膀胱輸尿管反流。
輸尿管膀胱連接部的活瓣作用取決于膀胱內黏膜下段輸尿管的長度和三角區肌層保持這個長度的能力，以及膀胱逼尿肌對該段輸尿管后壁足夠的支撐作用。嬰兒期由于膀胱壁內走行的輸尿管段管道發育異常，過短(小于6mm)或水平位，膀胱三角區發育不成熟，瓣膜機制失去正常功能；輸尿管口開口異位和形態異常，均可影響膀胱三角區的緊張性，易發生反流，見圖1所示。
逼尿肌不穩定，反流尿液自膀胱逆流入輸尿管或腎盂，當膀胱擴張，尿液又回流入膀胱，使膀胱尿液排空不全，形成殘留尿增多，當膀胱內壓上升時，黏膜下段輸尿管被壓縮而不產生反流，這種活瓣機制是被動的。但輸尿管的蠕動能力和輸尿管口的關閉能力在防止反流中也起一部分作用。隨著年齡的增長，輸尿管膀胱連接部及膀胱三角區的發育逐漸完善，瓣膜功能恢復，反流可漸消除。由于膀胱內壓不斷增高使輸尿管膀胱連接部變形，破壞抗反流機制。
3.泌尿系感染 泌尿系感染的炎癥改變常使輸尿管膀胱連接部失去瓣膜作用，引起反流。近年認為反流與遺傳因素有關，在反流性腎病家屬中，有同樣反流的患者，常為顯性基因遺傳或性聯遺傳，與組織相容抗原HLA-A3、B12有關，反流患者中，家族性的占27%～33%。
原發性常為先天性，而不伴有泌尿系神經肌肉異常或梗阻的發病因素，主要為輸尿管膀胱連接部先天發育異常致瓣膜作用不全或膀胱三角肌先天脆弱，常見膀胱壁段輸尿管通道變短，輸尿管口開口位置外側移位或開口呈高爾夫球洞樣，重腎雙輸尿管常伴輸尿管口開口發育異常，當膀胱收縮使尿液反流入輸尿管。