應與下列疾病作鑒別：
1.高熱驚厥 本病多見于嬰幼兒，過去常有高熱驚厥史，驚厥發生在體溫上升時且多不反復發作，驚厥后面色好，神志正常，并常可找到引起高熱的疾病。
2.大葉肺炎 該病與毒痢均為急性起病，外周血白細胞總數及中性粒細胞升高。早期可致休克，腦水腫，但X線檢查肺部可有大葉或節段性炎性病變。
3.流行性腦脊髓膜炎 流腦與毒痢均為急起高熱，均有內毒素所致微循環障礙表現，合并驚厥。但下列特征有助鑒別：
(1)流腦多發于冬末春初，而毒痢則多見于夏末秋初。
(2)流腦患者70%以上可見皮膚、黏膜出血點及瘀斑。
(3)流腦常有頭痛、頸強直等中樞神經系統感染的癥狀。
(4)可問流腦疫苗接種史，如已接種疫苗則很少患流腦。
4.流行性乙型腦炎 毒痢與乙腦由于發病年齡及好發季節大致相同，首發癥狀均為急起高熱，伴有精神萎靡、嗜睡、驚厥等神經系統癥狀，為此需要作好鑒別。
(1)發病時間不同：二病發病時間不同，毒痢多在起病當天發生驚厥，而乙腦多在起病第3～4天后才發生驚厥。
(2)神經系統體征：乙腦有頸強直、Kernig征(＋)、Babinski征(＋)等神經系統體征。
(3)流行疫情：乙腦社會上有流行疫情。
(4)疫苗接種史：問疫苗接種史，如接種過疫苗一般不得乙腦。
(5)腦脊液檢查：如確有懷疑，可作腦脊液檢查，乙腦蛋白及白細胞增多，糖及氯化物一般正常。毒痢腦脊液正常。