LPL家族性高乳糜微粒血癥是起因于脂蛋白脂肪酶（LPL）功能低下或不良，LPL是LPL基因的產物，在染色體上的位置是8p22。LPL對于飲食中長鏈脂肪酸代謝至關重要。通常，這些長鏈脂肪酸被包裝到甘油三酯中，幫助將脂類從腸運送到其他組織，隨后LPL將甘油三酯分解為細胞能夠處理的大小。在LPLD患者體內，LPL不能分解甘油三酯。因此，細胞吸收飲食脂肪不良，使其仍然停留在血液中。一般來說，在用餐后，乳糜隔夜就應該會在血漿中廓清。家族性高乳糜微粒血癥患者體內，因為血漿中乳糜微粒廓清的功能受到損害，會導致三酸甘油脂堆積在血漿中而使得血漿看起來像牛乳一般。
FCS患者胰腺炎反復發作，非常痛苦，有時通常以少量安全形式分泌的消化酶會一次激活，開始消化胰腺和周圍組織，從而危及生命。FCS患者還有著異常高的血脂水平，使得他們易患早發性糖尿病和動脈粥樣硬化。