有些子宮畸形患者可無任何自覺癥狀，月經、性生活、妊娠、分娩等亦均無異常表現，以至終身不被發現，或于體檢時偶被發現。但亦有一部分患者的生殖系統功能受到不同程度影響，到性成熟時，婚后、或孕期、產時，因出現癥狀才被發現。主要癥狀有：
1.月經異常
先天性無子宮或始基子宮患者無月經。幼稚型子宮患者可無月經，亦可有月經過少、遲發、痛經、經期不規則等表現；雙子宮、雙角子宮患者常可出現月經量過多及經期持續時間延長。
2.不孕
無子宮、始基子宮、幼稚型子宮等子宮發育不良者，常為不孕主要原因之一。
3.病理妊娠
發育異常之子宮于妊娠后往往引起流產，早產或胎位異常。偶可發生妊娠期自發性子宮破裂。殘角子宮如輸卵管通暢，則孕卵可著床于殘角子宮內，但由于其子宮肌層發育不良，常于孕期破裂，癥狀同宮外孕。