消化性潰瘍的病因及發病機制較為復雜，迄今尚未明確。一般認為是由多種病因導致的疾病，可能是胃潰瘍患者在長期致病因素的作用下使對胃、十二指腸黏膜有損害作用的侵襲因素與黏膜自身防御-修復因素之間失去平衡，當侵襲因素增強或防御/修復因素削弱時，導致慢性胃炎，使胃排空延緩累及并損害胃黏膜防御屏障的完整性。近十多年來的研究證明幽門螺旋桿菌(Hp)感染是消化性潰瘍的主要病因，Hp感染改變了黏膜侵襲因素與防御因素之間的平衡，誘發了局部炎癥和免疫反應，損害了這種平衡機制，并增加了促胃蛋白酶和胃酸的分泌，增強了侵襲因素，兩者之間的協同作用造成了黏膜損害和潰瘍形成。此外潰瘍病的侵襲因素還①有胃酸分泌增加、胃蛋白酶活性增強、②藥物作用，長期應用糖皮質激素和非甾體抗炎藥③急性應激和長期精神緊張焦慮、情緒波動④飲食不當等，均與潰瘍病的發病有關。
據袁育紅等在中山醫科大學發表的《妊娠期消化性潰瘍的診治》一文中提到：
妊娠期消化性潰瘍(PU)的發病率呼較低，PU患者一旦妊娠，癥狀會減輕甚至消失，其機理不清，可能與下列因素有關：①妊娠期胃酸和胃蛋白酶分泌減少；②妊娠期雌激素和孕酮增加，前者有細胞保護作用，后者能延緩酸性胃內容排入十二指腸；③妊娠期組胺酶增加，使組胺滅活；④胎盤可能產生有細胞保護作用的前列腺素；⑤孕婦改善飲食、戒酒和心情舒暢。