一類可特異性識別同種異型抗原的T細胞稱為同種異型反應性T細胞（alloreactive T cell）。
1. 直接識別機制同種異型抗原的APC
同種異型反應性T細胞直接識別移植物APC表面同種異型MHC分子，此為直接識別（direct recognition）。在同種異型移植中，借助直接識別可激活大量受者T細胞，從而在急性排斥反應早期發揮重要作用。是同種移植所特有的抗原遞呈與識別方式。直接識別模式所涉及的若干理論問題，目前有如下初步認識：
（1）TCR識別抗原肽的分子基礎；
（2）TCR識別的交叉反應性；
（3）同種異型抗原可激發強烈的免疫應答。
2. 間接識別
是指移植術后，受者APC隨血流進入移植物內，可攝取處理從移植物細胞脫落的同種異型MHC分子（等同于普通抗原）并經溶酶體途徑提呈給CD4+T細胞，此為間接識別（indirect recognition）。