肝囊腫需與以下幾類疾病進行鑒別。
1.肝內占位性病變
肝腫瘤、肝膿腫等易與本病混淆。但通過詳細詢問病史及體格檢查，結合B超等特殊檢查，一般不難鑒別。肝腫瘤多為實質占位性病變；肝膿腫有明顯的中毒癥狀，部分未完全液化的肝膿腫則表現為浸潤性占位病變。對完全液化之膿腫行B超引導下經皮穿刺既可達到治療目的，又可明確診斷。
2.腹內肝外性囊腫
胰腺囊腫、腸系膜囊腫、膽囊積水、膽總管囊腫、巨大卵巢囊腫等均為囊性病變，但根據各自的特征通過B超并輔以相應的特殊檢查多可做出鑒別診斷。
3.肝棘球囊腫
患者多來自牧區，有羊、牛等動物接觸史，囊腫張力較大，觸之硬韌，叩之有震顫，多數患者血嗜酸粒細胞增高，補體結合試驗陽性，以及間接免疫熒光檢查和被動血凝集試驗均有助于鑒別。B超檢查寄生蟲性肝囊腫有厚的纖維性囊壁，有時囊壁伴有鈣化，囊腔內可見蟲體物質。
4.多囊肝
一般多與多囊腎并存，可通過詢問家族史，檢查其他臟器有無囊腫進行鑒別。